מנהלי תכניות המחוננים וצוות האגף גיבשו את החזון הפדגוגי של האגף. עקרונות חזון זה מתורגמים למדיניות ולתכניות עבודה, ומימושם משמש פריצת דרך בעשייה החינוכית וכר נרחב ליזמות חינוכיות המיועדות לתלמידים מחוננים. החזון קורא לשיח שונה בין המורה לתלמיד, שיח שבו המורים והתלמידים משלבים יחדיו תהליכים היוצרים ידע חדש והקשרים חדשים לידע.

להלן נוסח החזון:

האגף למחוננים ולמצטיינים שואף להנחיל ולהוביל  תרבות שבה  המצוינות  היא ערך מרכזי.
בחזוננו חולקים בו -זמנית ערכים של מצוינות אישית ואנושית, התעלות ומובילות תוך מחויבות ורגישות לחברה. אנו מחויבים ליצירת סביבות למידה תומכות רגשית, גמישות ודינאמיות, שבהן יתאפשרו שיח  מאתגר ויצירת ידע חדש. 
"הסביבה שבשאיפה" שלנו ייחודה בעצם היותה קהילייה לומדת, שבה תלמידים ומורים שווים בסקרנותם ובמחויבותם לקחת זה את זה שוב ושוב לשדות חדשים, בלתי ידועים. כך תיפתחנה למורים ולתלמידים אפשרויות חדשות להעצמת מכלול היבטי התודעה, למתן ביטוי לכישוריהם הייחודיים וליצירת דפוסי לימוד וחינוך הולמים תוך התחדשות מתמדת.

החזון מוטמע בבתי הספר ובמרכזי המחוננים בדרכים האלה:

• מדריכי האגף למחוננים ולמצטיינים מנחים צוותי הוראה למחוננים בנושא יישום החזון.
  
  
• מנהלי בתי ספר שיש בהם כיתות מחוננים ומנהלי מרכזי המחוננים מקיימים פורומים קבועים לדיון בקידום עקרונות החזון ויישומו בשטח.
  
  
• רכזי כיתות למחוננים בבתי הספר מקיימים פורום קבוע לדיון ביישום החזון בבתי הספר.