תהליך האיתור מתחיל כשנה לפני הפניית התלמיד למסגרות הטיפוח הייחודיות. במקומות בהם התוכנית מתחילה בכיתה ג', נערכים המבחנים בכיתה ב'; במקומות בהם התוכנית מתחילה בכיתה ד' נערכים המבחנים לתלמידי כיתה ג'.
בראשית שנת הלימודים נשלחות הודעות לבתי הספר ונקבע מועד אחיד למבחן הסינון (ראו להלן) בכל מערכת החינוך. נוהל זה מתפרסם בחוזר מנכ"ל בתחילת כל שנת לימודים.
בתי הספר שולחים להורים מכתבים ובהם מידע על סדרי המבחן ועל כך שההשתתפות במבחנים הינה זכות ולא חובה. הורה שאינו מעוניין שילדו ייבחן מתבקש להודיע על כך בכתב לבית הספר.

מבחני הקבלה מבוצעים בשני שלבים:
 
שלב א' – מבחן הסינון
במבחן זה ניתנת הזדמנות לתלמידים בכיתות ב' ו/ או ג', על פי האזור כאמור לעיל, להיבחן. זהו מבחן קבוצתי, הנערך ונבדק בביה"ס בהתאם להנחיות הגוף הבוחן. מבחן זה בודק בעיקר את הבנת הנקרא של התלמידים ואת הישגיהם בחשבון.
המבחן נועד לסייע לסגל ביה"ס לבחור את התלמידים בעלי ההישגים הגבוהים ביותר  
בשכבה (כ- 15% מתלמידי השכבה) שיומלצו להיבחן במבחן שלב ב' – שלב האיתור.

בתי הספר שולחים לגוף הבוחן את רשימות התלמידים המועמדים להיבחן  בשלב ב' (מבחן האיתור),
במקרים חריגים יכול בית הספר להוסיף לרשימת התלמידים גם תלמיד מצטיין שלא הגיע במבחן הסינון לציונים הגבוהים ביותר או שהיה חולה ביום המבחן. במקרה זה בית הספר צריך לצרף מכתב המפרט את הנימוקים להחלטתו.

דרך האיתור של התלמידים הזקוקים לתנאים מותאמים - תלמידים עולים חדשים וילדים מבית דו לשוני,  ליקויי למידה, בעלי מוגבלויות פיסיות ובעלי צרכים מיחדים. היא שונה ומפורטת בקישורים לנושאים אלו.

כאן המכתב הנשלח להורים על ידי מנהלי בתי הספר בדבר מבחן הסינון.

כאן המכתב הנשלח להורים על ידי מנהלי בתי הספר בדבר תוצאות מבחן הסינון.

שלב ב' – מבחן האיתור
מבחן האיתור, מיועד ל- 15% מהתלמידים שהומלצו על ידי בית הספר, מבחן זה הוא מבחן קבוצתי הנערך על ידי הגוף הבוחן ונבדק על ידו. הבחינות הן ברמת קושי גבוהה כי הן נועדו לאתר את הילדים המוכשרים ביותר מכלל הנבחנים בשלב זה.
הבחינות בודקות יכולת קוגניטיבית כללית בדרכים שונות. הן כוללות פריטים מילוליים צורניים ומספריים. הבחינות כוללות הן פריטי ידע והבנה והן פריטים הבודקים את כשר החשיבה הלוגית המופשטת.
חומר הבחינה אינו קשור לתכנית הלימודים של בית-הספר. בעת הבחינה מקבלים התלמידים את ההסברים הנחוצים על מטלות המבחן וכן עוברים תרגול של המטלות. לכן אין צורך ואף מומלץ שלא "להתכונן" לבחינה. (תלמידים צעירים יגיעו למבחן רגועים יותר, וסיכויי הצלחתם יעלו אם הוריהם ימנעו מלהפוך את המבחן לאירוע מרכזי וגורלי).
המבחן הוא מבחן  רב-ברירה ("אמריקאי"). כלומר התלמידים מתבקשים לסמן את התשובות הנכונות ולא לכתוב אותן. 
משך המבחן הוא בין שעה ורבע לשעה וחצי.
על סמך מבחני שלב ב' נבחרים להשתתף בכל תוכנית העשרה 5.0%-1.5% (בהתאם לסוג התוכנית ומדיניות המשרד באזור שבו היא מתקיימת) מכלל המועמדים לתוכנית זו, אשר הישגיהם היו הטובים ביותר בהשוואה ליתר המועמדים לאותה תוכנית. כל התלמידים הנכללים במסגרת 5% העליונים מוזמנים להשתתף בחוגי העשרה למצטיינים.
בתום תהליך האיתור נשלחות הודעות להורים ולבתי-הספר בדבר זכאותו/ אי זכאותו של התלמיד להשתתף בתוכנית. כמו כן, האגף למחוננים ומצטיינים שולח למנהלי התוכניות למחוננים ולמחלקות החינוך ברשויות המקומיות את רשימות תלמידים הזכאים להשתתף במסגרות הייחודיות. 
בכל מקרה לא נמסר להורים או לשום גורם אחר שום מידע שהוא מעבר לעובדת זכאותו או אי זכאותו של התלמיד להשתתף בתוכנית, זאת מאחר והמבחנים לא נועדו לאבחן את פרופיל הכישורים של התלמידים, אלא רק לאתר את התלמידים בעלי הכושר הכללי הגבוה ביותר יחסית לשכבת הכיתה הנבחנת באזור מגוריו.