עם פרסום הנהלים להליך בחינת הזכאות להתאמות לתלמידים בעלי לקויות למידה שפורסם בתאריך 9 בספטמבר 2008, התברר כי ספיחי שביתת המורים הארוכה שהייתה בשנה שעברה ניכרים גם בהליך הנדרש בשנת הלימודים תשס"ט.
1. מועדי הגשת הבקשות לוועדות ההתאמה המחוזיות שפרסמנו בתחילת השנה נקבעו מתוך שיקולים של טובת התלמיד ( על מנת לאפשר לו לקבל תשובה במועד מוקדם ככל האפשר ) ומתוך רצון להקל על המערכת הבית ספרית ( שלא יידרש להכנה כפולה של מסמכים לאותו תלמיד). לכך נוספו אילוצים ארגוניים הקשורים בחלקם לשביתה וחלקם לשינויים מערכתיים. מכלול מרכיבים זה הותיר זמן קצר מאד לרשות עבודת הוועדות המחוזיות הנדרשות השנה לדון במספר כפול של תלמידים (בשל השביתה של שנה שעברה) כמו גם, פרק הזמן הקצר יחסית שנשאר בין סיום עבודת הוועדה המחוזית ווועדת הערעורים דבר שעלול לפגוע בהליך הגשת הערעור לוועדת ערעורים עליונה.
בשל מכלול מרכיבים אלו ואחרים , עלה קושי רב בקביעת לוח זמנים שייתן מענה הולם לבצוע הליך תקין ואפשרי של בדיקת הזכאות להתאמות. עם פרסום לוח התאריכים להגשת הבקשות למועד תשס"ט התברר כי מצרף הנסיבות של השביתה ושינויים מערכתיים, אינו אפשרי בבתי ספר רבים.
לפיכך, בעקבות פניות מבתי הספר ומפגש עם נציגי התאגדות מנהלי בתי ספר תיכוניים, נבדקה אפשרות שינוי מועדי ההגשה לשנת הלימודים תשס"ט. בהחלטה משותפת עם ראשי התאגדות המנהלים והאגפים הרלוונטיים במשרד הוחלט כי הבקשות לועדת ההתאמות המחוזית יוגשו באופן הבא :
מועד חורף
א. למועד זה יוגשו כל התלמידים הנבחנים במועד חורף.
ב. ניתן להגיש גם תלמידי כיתות י"א הנבחנים במועד קיץ.
מועד ההגשה האחרון לוועדת ההתאמות המחוזית הנו
יום שני, ה' בחשון, תשס"ט, 3 בנובמבר 2008
מועד קיץ
א. לתלמידי כיתות י"א
מועד ההגשה האחרון לוועדת ההתאמות המחוזית הנו
יום רביעי, י"ג בכסלו, תשס"ט, 10 בדצמבר 2008