יצירת אקלים חינוכי בבתי הספר וצמצום האלימות הוא אחד הדגלים שלקח על עצמו המשרד לקדם בשלוש השנים האחרונות. 

פעולות נבחרות שנעשו בין תשס"ב-תשס"ד

1. מדיניות הטמעה והובלת מהלכים בתחום

   א.	הטמעת חוזר מנכ"ל: יצירת אקלים בטוח וצמצום האלימות במוסדות החינוך - המשך לחוזר הוראות הקבע סא/4(ג)
   ב.	כתיבה הפצה והטמעה של חוזר מנכ"ל: יצירת אקלים בטוח וצמצום האלימות במוסדות החינוך – המשך לחוזר הוראות הקבע סא/4(ג). פגיעה של עובדי הוראה בתלמידים. פגיעות תלמידים בעובדי הוראה.
   ג.	עבודת שוטפת של ועדות מחוזיות לנושא צמצום אלימות ומניעת סמים.
   ד.	ביצוע סקר שני לניטור רמת האלימות במוסדות החינוך  ע"י פרופ' בנבנישתי "אלימות במוסדות החינוך – תשס"ב"  הסקר מציג השוואה לנתונים שנאספו בתשנ"ט.
   ה.	כתיבת סטנדרטים לאקלים ותרבות בית ספר. – מסמך הסטנדרטים נכתב בועדה שרוכזה על ידי שפ"י וכוללת את הנציגים הבאים: אגפי הגיל, שפ"י, מנהל חברה ונוער, החינוך הממלכתי דתי, מזכירות פדגוגית (קרמניצר-שנהר) הסתדרות המורים, ארגון המורים העל-יסודי, הקו הפתוח, הממונה על שוויון בין המינים, הממונה על זכויות ילדים, נציג מנהלים,  נציג הורים, מכון.
   ו.	הפעלת קמפיין למניעת אלימות בשיתוף עם ערוץ הילדים והטלוויזיה החינוכית.
   ז.	הקמת קבוצת עבודה  של אדריכלים, מפקחים לאומנויות, מנהלי בתי ספר, מנהלי מחלקות חינוך, יועצים ופסיכולוגים בנושא השפעת מבנה בית הספר ועיצוב סביבת בית הספר על צמצום התנהגויות אלימות – יוזמה משותפת למינהל הפיתוח, גף לעיצוב חזות מבני חינוך ושפ"י.
   ח.	הרחבת מדד אלימות בבתי הספר. הוספת שאלון הבודק את רמת האלימות ביישוב וכן את רמת השימוש בסמים. מדד זה ייושם ביישובי אס"א.
   ט.	הפעלת תחרות בין בתי הספר בנושא אקלים בטוח וצמצום אלימות.
   י.	הפעלת מוקד טלפוני 1204 לסיוע ותמיכה.
   יא.	הנפקת פנקס זכויות וחובות התלמידים לכל תלמידי בתיה"ס היסודיים בכל המגזרים ובכל השפות, כולל בכתב ברייל בעברית ובערבית.

2. הפעלה של תכניות מניעה והתערבות – משרדיות ובין משרדיות

   א.	הפעלת התערבות המבוססת על מדד – 500 בתי ספר (חלקם ממשיכים בתהליך וחלקם חדשים). (באחריות שפ"י)
   ב.	הפעלת תכנית כישורי חיים 600 בתי ספר. (באחריות שפ"י)
   ג.	כתיבה והטמעה של  תכנית לתקשורת בין אישית להקניית מיומנויות ג