הפעלת תכנית מניעת טבק, אלכוהול וסמים היא חובה לכיתות א'-י"ב. (חוזר מנכ"ל מח1 התשמ"ח, חוזר מנכ"ל 2א תש"ס 1999). המשרד אחראי להפעלת תכניות מניעה ראשוניות (חינוך למניעה) ולהפעלת תכניות מניעה שניוניות (התערבות במקרים של שימוש מזדמן).

בתי הספר מפעילים את התכנית באחריות המנהל, בהנחיית מובילים בית ספריים (מב"סים), היועצים החינוכיים, ובשיתוף הפסיכולוגים החינוכיים, המחנכים, ההורים והמורים.

מטרות היחידה:

1. הצעת מדיניות בנושאי טבק, אלכוהול וסמים במערכת החינוך וקביעת יעדים מרכזיים בכל שנת לימודים.
2. גיבוש והכשרת צוותים מובילים ארציים ומחוזיים ליישום המדיניות בבתי הספר.
3. פיתוח תוכניות  מניעה לשכבות הגיל השונות והפצתן במערכת החינוך.
4. סיוע מקצועי וארגוני בהפעלת תוכניות המניעה במוסדות החינוך באמצעות צוותי הפקוח וההדרכה.
5. יזום פעולות ייחודיות כגון: כנסים, השתלמויות.
6. שיתוף פעולה עם גופים פנים וחוץ משרדיים כגון: הרשות הלאומית למלחמה בסמים ובאלכוהול, האגודה למלחמה בסרטן ועוד.
7. הוצאת דו"חות שנתיים לסיכום עבודת מערכת החינוך בנושא.

8. מתן מענה לפניות של גופים ממלכתיים פנים וחוץ משרדיים ופניות הציבור בנושא.

9. ייצוג המשרד בדיונים בכנסת.

יעדי היחידה לשנה"ל תשס"ח

המזכירות הפדגוגית; אגפי הגיל ; מינהל חברה ונוער ; הלשכה המשפטית; לשכת המדען הראשי; אגף בטיחות בדרכים: האגף לקליטת עליה

• אלכוהול מה האמת? תוכנית לחטיבת הביניים(2001)
• הורה לי דרך, מדריך לפעילות עם הורים למניעת שימוש לרעה באלכוהול וסמים (1999)
• הנחיית עמיתים – מודל הפעלה במסגרת תוכנית מניעה בנושאי עישון, אלכוהול וסמים(1997)
• ובחרת בחיים – תוכנית חינוכית להתמודדות עם מניעת השימוש לרעה בחומרים פסיכואקטיביים(1998)
• חוברת הכשרה למובילים בית ספריים לתוכניות מניעה בנושאי טבק אלכוהול וסמים (2004)
• חופשי לנשום - תכנית מניעת עישון לבי"ס על יסודי (2004)
• חיים נקיים מסמים - הצעות להפעלת לומדת המחשב ( 2002)
• טיפ-טיפה - אלכוהול במידה הנכונה, תכנית מניעה לחט"ב בנושא אלכוהול (2006)
• למוח אין חלקי חילוף – תוכנית מניעה לכיתות ח'-ט'- (2005)
• לשאוף אויר בריא – מרכז למידה בנושא מניעת עישון, חוברת למחנך, למנחה ולמדריך (2003)
• מעורבות תלמידים בתוכניות מניעה (1997)
• נוהגים בראש אחר, על נהיגה ללא אלכוהול (1997)
• סמים אליך לב – תוכנית למניעת השימוש לרעה בסמים לאוכלוסיות ייחודיות (2003)
• סמים בינינו?! – מניעה שניונית – התלמיד המעורב בסמים (2003)
• מדריך למניעה והתערבות (2003)
• משמעות תוכנית מניעה בנושא סמים לכיתות י'-י"א, (2003)
• "הסם לא אוהב אותך" סרטי מידע בנושא סמים לגילאי 13, 15, 17 + חוברת הפעלות.
• תוכנית עמיתים במניעת עישון (2003)
• עלון למורה – "כל מורה הוא מחנך למניעה" (2004)
• עמיתים ומשפיעים - תכנית הנחיית עמיתים (2006)